ธงประจำมูลนิธิ เป็นการผสมผสานรูปแบบธงสมาคมพุทธศาสนาโลกซึ่งออกแบบโดย  Colonel Henry Stell Olcott ชาวอเมริกันตามฉรรพรังสีของพระพุทธองค์ขณะตรัสรู้
มาประกอบกับสัญลักษณ์ของมูลนิธิแสงพุทธธรรมนานาชาติคือ ด้านซ้ายและด้านล่างของธงประกอบด้วย แถบสีน้ำเงิน เหลือง แดง ขาว และส้มตามสีของธงสมาคมพุทธศาสนาโลก ซึ่งเป็นสัญลักษณ์แทนมวลมนุษย์ทุกเผ่าพันธุ์
สีน้ำเงินหมายถึง ความเมตตากรุณาและศานติแห่งพุทธะ
สีเหลืองคือ ความรู้แจ้ง
สีแดงคือ มรรคผลแห่งปัญญาความสำรวมและศิริมงคล
สีขาวคือ ความพิสุทธิ์ความหลุดพ้น
สีส้มคือ พระธรรม แถบสีลายขวางหมายถึงความกลมเกลียวของมนุษยชาติ
แถบสีลายตั้งคือ สันติ